日本間諜在清朝的故事晚期，日本一直窺探中國這塊肥肉，并悄悄地在各個地區安插了不少間諜，其間諜機關的總部設在北京，總頭目是青木宣純。青木1884年奉命到中國進行諜報活動，化名廣瀨次郎。他先在廣東活動三年，后調到北京收集情報，并繪制了精密的北京郊區地圖。這是日本第一次得到北京郊區圖。在上海，日本間諜藤島武彥化裝成和尚，刺探福建艦隊的軍情，并繪制地圖。藤島在鎮海被抓獲處死。

　　在這一系列日本間諜中，最詭計多端的是在天津的神尾光臣。甲午戰爭前夕，大本營給神尾光臣一個特殊任務，除了搞絕密情報外，還要發回一些中國正積極備戰的假消息，激起日本國民的戰爭情緒。神尾光臣心領神會，歪曲事實不斷發回中國準備對日開戰的假情報，致使1894年7月12日，日本內閣以"中國在平壤集結大軍，欲與日本一戰"為由，向中國發出第二份絕交書。清政府被迫排兵布陣，準備戰事。

　　1894年8月1日，中日正式宣戰。日本駐天津領事館撤走后，間諜宗方小太郎將自己偽裝成中國老百姓，來往于威海、旅順之間，窺探中國海軍的情報。他在威海得知北洋艦隊的出發時間，立即電告了上海諜報機關。日軍大本營即派日本聯合艦隊出發。18日，中日兩支艦隊相遇，震驚世界的"黃海海戰"爆發。由于敵我力量懸殊，北洋艦隊慘遭重創，損失五艦，死傷八百余人。至此北洋艦隊更是畏縮不出，日本奪得制海權。不久宗方小太郎被召回日本，他穿著中國服，接受天皇的召見。陸軍大將本莊繁評價宗方說："日清戰爭之時，他密行威海衛軍港，詳細偵察敵情，對君國做出極大貢獻。"

　　1886年春，日本陸軍參謀本部派荒尾精秘密潛到中國刺探情報。此時日本間諜愈加瘋狂。他們將在中國各地搜集的情報分門別類整理，編纂成三大冊兩千多頁的《清國通商綜覽》。這是一部有關中國的百科全書，這部書為日本軍政當局侵華提供了大量的第一手資料。

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